Interprétation de listes de gènes et réseaux de gènes

Contexte

La formation Omic & NGS - Rennes - d'abord focalisée dans les années 2000 sur l'analyse des données à haut-débit issues des microarrays - est depuis plusieurs années centrée sur l'étude du transcriptome et de l'épigénome, au travers de modules focalisés sur le RNA-seq, le ChIP-seq, et sur l'interprétation biologique de listes de gènes d'intérêt, par le biais notamment de la construction de réseaux de gènes.

Cette formation annuelle à la carte se compose de 7 modules indépendants de 2 jours, vous permettant de construire de façon évolutive la fomration la plus adaptée à vos besoins. 2 des 7 modules sont dédiés à l'initiation aux langages R et UNIX, permettant ainsi aux débutants d'acquérir les pré-requis nécessaires aux autres modules.

Objectifs

S'initier aux traitements statistiques les plus courants
pour :
- interpréter biologiquement une liste de gènes d'intérêt,
- réaliser et visualiser des réseaux de gènes.

Programme

1. Les bases d'annotations fonctionnelles :
GO / KEGG...

2.Interprétation biologique d'une liste de gènes :
Méthode par test d'enrichissement sous R, David et String / Méthode GSEA sous R et interface GSEA.

3. Réseau de gènes : Méthodes utilisant les corrélations brutes :
Méthode et package WGCNA.

4. Réseaux de gènes - méthodes utilisant les corrélations partielles :
Corrélations partielles et modèles graphiques gaussiens.

5. Réseaux de gènes - outils de visualisation :
Outils sous R / Cytoscape.

Responsable(s)

Sandrine LAGARRIGUE
Yuna BLUM

Public concerné

Secteurs académique ou privé,
Acteurs de la recherche et R&D
(ingénieurs, techniciens, chercheurs, cliniciens, post-doctorants, doctorants, stagiaires...)

Pré-requis

Être sensibilisé à R - possibilité de suivre le module Initiation à R

Durée

2.0 jour(s) 15 heure(s)

Informations particulières

Tarifs préférentiels pour les académiques, nous consulter

Session(s)