RNA-seq : Analyse statistique sous R

Contexte

La formation Omic & NGS - Rennes - d'abord focalisée dans les années 2000 sur l'analyse des données à haut-débit issues des microarrays - est depuis plusieurs années centrée sur l'étude du transcriptome et de l'épigénome, au travers de modules focalisés sur le RNA-seq, le ChIP-seq, et sur l'interprétation biologique de listes de gènes d'intérêt, par le biais notamment de la construction de réseaux de gènes.

Cette formation annuelle à la carte se compose de 7 modules indépendants de 2 jours, vous permettant de construire de façon évolutive la fomration la plus adaptée à vos besoins. 2 des 7 modules sont dédiés à l'initiation aux langages R et UNIX, permettant ainsi aux débutants d'acquérir les pré-requis nécessaires aux autres modules.

Objectifs

S'initier aux traitements statistiques de données RNA-seq les plus courants.

Programme

1. Overview des différentes utilisations et questions de recherche liées aux données de RNA-seq :
Identification de nouveaux gènes/isoformes / Détection de polymorphisme / Analyse du polymorphisme conjointement à l'expression (editing, ASE, empreinte) / Analyse de l'expression (focus du présent module).

2. Plan d'expériences

3. Exploration des données :

Expression brutes / Normalisation RPKM et TPM.

4. Quels sont les gènes différentiellement exprimés entre conditions analysées ?
Normalisation / Analyse différentielle (EdgeR, DEseq2) / Filtre des gènes dits non exprimés (HTSfilter) / Correction pour les tests multiples.

Responsable(s)

Sandrine Lagarrigue
Yuna Blum

Public concerné

Secteurs académique ou privé,
Acteurs de la recherche et R&D
(ingénieurs, techniciens, chercheurs, cliniciens, post-doctorants, doctorants, stagiaires...)

Pré-requis

Être sensibilisé à R - possibilité de suivre le module Initiation à R

Durée

2.0 jour(s) 15 heure(s)

Informations particulières

Tarifs préférentiels pour les académiques, nous consulter.

Session(s)