Initiation à R

Contexte

La formation Omic & NGS - Rennes - d'abord focalisée dans les années 2000 sur l'analyse des données à haut-débit issues des microarrays - est depuis plusieurs années centrée sur l'étude du transcriptome et de l'épigénome, au travers de modules focalisés sur le RNA-seq, le ChIP-seq, et sur l'interprétation biologique de listes de gènes d'intérêt, par le biais notamment de la construction de réseaux de gènes.

Cette formation annuelle à la carte se compose de 8 modules indépendants de 2 jours, vous permettant de construire de façon évolutive la formation la plus adaptée à vos besoins. 2 des 8 modules sont dédiés à l'initiation aux langages R et UNIX, permettant ainsi aux débutants d'acquérir les pré-requis nécessaires aux autres modules.

Objectifs

S'initier à la manipulation des objets et fonctions de R les plus courants et les plus utiles dans le cadre de l'analyse de données-omiques.

Programme

1. R et ses objets :
Se familiariser avec l'environnement R / les fonctions simples de R / des objets de R, les créer, les manipuler (vecteurs de logiques et de facteurs, matrices et dataframe, listes) / les opérateurs de comparaisons.

2. Le cas particulier du format « tableau » (dataframe) :
Importer, extraire ou modifier des données d'un tableau / Fusionner des tableaux / Appliquer des fonctions très utiles et spécifique au dataframe.

3. Comment débuter une session R :
Définition du répertoire de travail / Importation et chargement de librairies / Importation des données / Création et exécution d'un script.

4. Découverte et manipulation de plusieurs fonctionnalités de R au travers de l'analyse d'un jeu de données très simple :
Utilisation de fonctions graphiques de base / Utilisation de fonctions d'analyses statistiques de base / Automatisation d'un traitement simple (découverte des fonctions apply) / Automatisation d'un traitement complexe (développement de fonctions).

5.Comment terminer une session R

Responsable(s)

Sandrine LAGARRIGUE

Public concerné

Secteurs académique ou privé,
Acteurs de la recherche et R&D
(ingénieurs, techniciens, chercheurs, cliniciens,
post-doctorants, doctorants, stagiaires...)

Pré-requis

Module obligatoire pour toute personne n'ayant pas les pré-requis nécessaires pour suivre les modules suivants : RNA-seq : Analyse statistique / Microarrays : Analyse statistique / Réseaux de gènes / ChIP-seq

Durée

2.0 jour(s) 14 heure(s)

Informations particulières

Tarifs préférentiels pour les académiques, nous consulter.

Session(s)