Galaxy : Traitement de données de séquences par Galaxy

Contexte

La formation Omic & NGS - Rennes - d'abord focalisée dans les années 2000 sur l'analyse des données à haut-débit issues des microarrays - est depuis plusieurs années centrée sur l'étude du transcriptome et de l'épigénome, au travers de modules focalisés sur le RNA-seq, le ChIP-seq, et sur l'interprétation biologique de listes de gènes d'intérêt, par le biais notamment de la construction de réseaux de gènes.

Cette formation annuelle à la carte se compose de 7 modules indépendants de 2 jours, vous permettant de construire de façon évolutive la fomration la plus adaptée à vos besoins. 2 des 7 modules sont dédiés à l'initiation aux langages R et UNIX, permettant ainsi aux débutants d'acquérir les pré-requis nécessaires aux autres modules.

Objectifs

Présenter l'environnement Galaxy, convivial d'utilisation pour celles et ceux qui seraient réfractaires à la programmation sous UNIX et R, et vous accompagner dans sa prise en main.

Programme

1- exposé théorique

2- démonstrations pratiques complétées par quelques applications sur la manipulation de données de régions génomiques et sur l'analyse de jeux de données de type NGS (détection de SNP, analyse de données RNA-seq et ChIP-seq).

Responsable(s)

Sandrine LAGARRIGUE
Yvan LE BRAS

Public concerné

Secteurs académique ou privé,
Acteurs de la recherche et R&D
(ingénieurs, techniciens, chercheurs, cliniciens, post-doctorants, doctorants, stagiaires...)

Pré-requis

Aucun

Durée

1.0 jour(s) 8 heure(s)

Informations particulières

Tarifs préférentiels pour les académiques, nous consulter

Session(s)